东方天意｜生物医学文献检索技能

概述

论文检索 Skill

目标

帮助用户发现和整理学术论文，并尽量提供可核验的标题、作者、摘要、发表版本、年份、期刊或会议、DOI、PMID、arXiv ID、引用信息和原文链接。

只报告实际从工具或来源结果中获得的信息。来源没有提供的字段写“未提供”或“未索引”，不要猜测，也不要把搜索结果摘要当成论文全文。

可用工具与来源

优先使用当前工作区中已配置的 source；使用 source 前必须先读取对应目录下的 guide.md 和 config.json。如果 source 未启用，先通过 source 测试工具验证并启用；如果需要认证，提示用户完成认证。

常用来源及适用范围：

• pubmed：生物医学论文、医学主题词、PMID 和摘要。
• europepmc：生物医学与生命科学论文、预印本、全文链接和引用相关信息。
• pmc：PubMed Central 全文库，提供生物医学论文的免费全文（PDF）。
• semanticscholar：跨学科论文、作者、引用网络、相关论文和开放获取链接。
• crossref：DOI、期刊、会议、出版日期和出版商元数据核验。
• openalex：跨学科作品、作者、机构、概念和引用元数据。
• web_search：补充检索官方论文页面、出版社页面、项目主页或动态网页。搜索结果只作为线索，关键元数据应尽量回到权威来源核验。
• browser_tool：仅在网页搜索不足、页面需要交互或用户明确要求网页操作时使用。第一次使用前必须读取浏览器工具文档。

不要调用未在当前环境中注册的 arxiv_to_prompt、load_pdf 或其他虚构工具。若需要读取用户提供的 PDF，应使用文件读取工具或文档工具；若需要展示 PDF，按 PDF 预览规范处理。

开始检索前

如果用户没有说明，先根据任务补充或明确以下条件；条件不影响初步检索时，可采用合理默认并声明：

• 主题、同义词、缩写和目标研究问题。
• 时间范围，例如近五年或不限时间。
• 是否只要同行评审论文，是否纳入预印本、会议论文、综述、学位论文或指南。
• 学科、物种、疾病、基因、药物、方法或研究对象限制。
• 结果数量、语言和排序方式。
• 用户要的是广泛发现、系统性检索、相关工作、作者检索，还是引用追踪。

对“系统综述”“尽可能完整”“证据汇总”等任务，说明这只是基于可用数据库的检索，不等同于遵循 PRISMA 的完整系统综述流程，除非用户明确要求并提供纳入排除标准。

检索流程

1. 拆解查询：提取核心概念，建立同义词、缩写、旧名称和拼写变体；必要时分别构造宽查询和窄查询。
2. 选择来源：生命科学和医学优先使用 PubMed/Europe PMC；跨学科主题优先使用 Semantic Scholar/OpenAlex；DOI 和出版信息使用 Crossref 核验。
3. 分阶段检索：先宽范围发现候选论文，再按年份、研究类型、对象、方法和相关性筛选。不要只依赖单一来源。
4. 核验元数据：对重点论文交叉核对标题、作者、年份、期刊/会议和 DOI；优先采用 DOI 注册机构、数据库原始记录或出版社页面的信息。
5. 版本去重：将预印本、会议版、期刊版和不同数据库记录合并为同一工作；保留正式发表版本，同时标注可追溯的预印本或早期版本。不能确定是否为同一论文时，保留两条并说明不确定性。
6. 相关性排序：综合主题匹配度、研究对象和方法匹配度、发表时间及用户指定的引用指标。引用数必须注明来源和查询日期，不把引用数当作研究质量的唯一依据。
7. 结果分组：按基础论文、近期进展、方法论文、综述、临床或应用研究、争议或局限等类别组织结果；分类依据要简短说明。
8. 输出边界：摘要只做忠实概括，不夸大因果关系，不替用户评价论文质量；无法打开全文时明确说明只基于元数据和摘要。

任务类型

主题检索

提供检索式、覆盖的来源、筛选条件和去重后的结果。通常同时包含若干高相关近期论文与少量奠基性论文，并说明为什么入选。

作者检索

核对作者身份和机构信息，注意同名作者。展示论文、合作者、年份和发表渠道；不能确认身份时标记可能的同名匹配。

引用追踪

先确认目标论文的 DOI、PMID 或其他唯一标识，再检索参考文献、被引论文和相关论文。明确说明数据源对引用网络的覆盖范围可能不同。

相关工作

按方法、数据集、研究对象、基线或结论分组，并指出与用户主题的具体联系，而不是只罗列标题。

BibTeX 或参考文献导出

只有在元数据足够完整时生成 BibTeX。优先使用 DOI、PMID 或数据库记录；缺失字段保留为空或省略，不编造卷期页码。将导出内容放入代码块或写入用户指定文件，并说明记录来源。

导出前检查清单：确认标题、作者、年份、期刊/会议、DOI/PMID 等关键字段完整性；提醒用户验证字段准确性。

推荐输出格式

先给出一句检索范围说明：使用了哪些来源、时间范围、筛选条件和结果数量。然后按以下格式输出：

标准模式（详细元数据）：

1. 标题（年份）
   作者：作者列表
   类型/版本：期刊论文、会议论文、预印本或综述
   发表渠道：期刊或会议；未提供时标记为”未提供”
   标识符：DOI / PMID / arXiv ID（按实际情况列出）
   相关性：一句话说明与用户问题的关系
   摘要概括：1-3 句，忠实概括研究问题、方法和主要结论
   引用信息：数量 + 来源 + 查询日期；没有可靠数据时写”未核验”
   链接：优先 DOI、数据库记录或出版社原文链接

简洁模式（快速浏览）：

1. 标题（年份）- [期刊/会议] - DOI/PMID
2. 标题（年份）- [预印本] - arXiv ID

末尾补充：

• 去重和版本合并说明。
• 数据源限制、全文可得性和未核验字段。
• 如有必要，给出下一轮可执行的筛选选项，例如“只保留近五年同行评审论文”或“按研究方法重新分组”。

质量与安全规则

• 区分预印本与同行评审版本，不把预印本写成已正式发表。
• 不把搜索引擎排名、引用数或期刊声誉直接等同于证据质量。
• 标注撤稿、勘误、重复发表或版本冲突；无法确认时保留不确定性。
• 不编造作者、期刊、DOI、PMID、引用数、实验结果或全文内容。
• 对医学、临床和生物安全相关问题，明确说明论文检索结果不是医疗建议，也不是对单篇论文结论的独立验证。
• 当某个 source 不可用时，说明失败原因或可见限制，使用其他合适来源降级检索，不假装已经覆盖该数据库。