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https://www.zhengdianxue.com/wp-content/uploads/skills/yunxin-ai--academic-research-workbench.zip将提示词发送给你的 AI 安装该 skills
请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @yunxin-ai/academic-research-workbench。- 通过一个证据驱动的科研工作台，支持从文献发现科研方向和课题，以及完成学术论文写作全流程
- 支持文献综合、研究缺口、研究问题、假设、论文规划、分章节写作、引用核验、审查修订和投稿前检查。参考论文可选
- 不得虚构证据、结果、引用、审稿决定、平台状态或期刊录用。
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概述
学术研究工作台 v1.4.0 · 多源医学论文与期刊数据
这是一个独立的 WorkBuddy 单 Skill（V1.4.0 多源医学科研扩展；保留原 V1.2.0 路由和契约）。用户只看到一个入口；方向发现和论文写作是两个一级工作流，研究、写作、审查、修订和投稿前检查是同一 Skill 内部的按需加载板块，不是多个可安装 Skill、专家团或隐形 Agent。
多源论文、全文与期刊查询（v1.4.0）
涉及“最新论文 / 查文献 / 期刊数据 / 选刊 / 影响因子 / 分区 / APC / 开放全文”时，先按需读取 @references/research/multisource-access.md。统一工具程序为 tools/research_gateway.py，可直接通过本地 CLI 使用，或由用户授权后注册为一个独立 stdio MCP；单独上传 Skill 不会自动连接工具。旧 tools/medpub_mcp.py 和三个 PubMed 工具保留兼容。
可查询的数据与依赖：
- 公共题录/摘要：PubMed、Europe PMC、Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar；预印本日期窗口：bioRxiv、medRxiv。
- 开放全文：Europe PMC / PMC 的可访问 JATS 正文；Unpaywall 查合法开放版本链接。区分
metadata_only、abstract_and_metadata、full_text_retrieved_not_reviewed，获取不等于审阅。 - 期刊资料：NLM Catalog 的当前 MEDLINE 收录状态、Crossref 期刊信息、DOAJ 的开放获取/出版方申报APC/投稿指南链接、OpenAlex 自身统计。
- 临床试验：ClinicalTrials.gov 单独标为
trial_registration，不当作已发表疗效证据。 - 收费/授权源：Consensus、Scopus、JCR 默认禁止请求，先查凭据与用户授权。JCR 还要求用户确认的当前接口查询模板，返回原始许可响应；未确认字段映射不得声称取得JIF。中科院分区没有在本包编造网络API，只支持用户授权且有来源、年份和类别的本地快照导入。
运行需要 Python 3（本轮在3.11验证），均用标准库；在线取数需要供应商网络可达。公共源基础调用多数无账号；Unpaywall 要求授权联系邮箱，Semantic Scholar 可选Key，OpenAlex正式使用建议Key。Key、订阅与可重用权限分别管理。使用带Key的OpenAlex也需要显式 allow_paid=true，以免上游自动消耗预付额度。环境变量只在本机设置，不发到聊天、不写入包、配置JSON或报告。字段名与付费边界见 @references/research/source-access-matrix.json。
首次查询先用 research_list_sources 核对工具与配置。research_search_papers 需要公开关键词，可带 since、until 和每源1–20条上限；“最新”任务建议从最近30天开始并明确日期。预印本仅扫描指定日期窗口的第一页（30条），query="*" 可查看该页全部候选，必须披露覆盖范围；不能称完整查新或全库最新排序。
统一输出保留来源回执、检索条件、来源时间、标识、响应哈希与冲突。partial、rate_limited、access_denied、not_configured、authorization_required、contract_not_configured 与真正 empty 分开处理。只有相同 DOI/PMID 才去重；冲突保留，不能仅凭同题名合并。多源捕获可由旧证据桥接程序转换为候选台账，人工证据门仍不放行。
期刊匹配优先使用经过校验的ISSN；JIF、JCR分区、CiteScore、中科院分区和OpenAlex统计保留各自来源、年份与类别。不得将OpenAlex的平均被引指标改称官方影响因子。APC和出版周期是来源申报值，不是实际报价、录用率或审稿时长承诺。未知信息保留 unknown。
运行环境、数据范围与本地执行
可收集的是公开 PubMed 文献的 PMID、DOI、题名、期刊、年份、摘要与文献类型，以及用户授权提供的研究材料；PubMed 元数据不等于全文审阅或临床证据。基础检索无需本包购买服务或 OAuth 登录；可选 NCBI_API_KEY 由环境管理，API 使用条件与限额以 NCBI 当期政策为准。全文、其他数据库和机构订阅权限需另行核实。
主体工作流由宿主模型读取规则执行；包内程序使用 Python 3 标准库，本次在 Windows / Python 3.11.9 验证。在线 PubMed 另需可访问 NCBI。SkillHub ZIP 携带服务器源码，不会自动注册或启用 MCP，工具是否已连接必须由当前宿主发现结果确认。
在 Skill 根目录，仅对教学模拟副本执行：
python tools/study_demo.py --generate
python tools/build_manuscript.py首条命令写入 inputs/synthetic_embryo_review.csv 与 outputs/，会重建同名教学输入；第二条复算并输出 outputs/manuscript/。必须在独立教学工作副本中运行，不覆盖用户研究数据，不把输出当作真实研究或模型运行证据。
可选 PubMed MCP 配置优先用安全合并入口预览：
python tools/prepare_workbuddy_config.py --project <已存在的项目目录> --mode fixture只有用户明确授权后才加 --apply 写入目标项目 .workbuddy/mcp.json；真实联网时改用 --mode live。离线夹具仅返回预置记录。保留已有服务并备份配置；同名服务更新需显式 --replace-own。工具连接、论文内容审阅和专业判断须分别验证。
医学科研扩展与外部工具（新增）
在 S0–S2 或 D/P 阶段识别为医学、生殖医学、胚胎研究、临床观察/实验设计时，先按需加载 @references/medical/medical-routing-and-gates.md。具体课堂示例在 @references/medical/method-to-skill-examples.md。
医学数据库接入是“单 Skill + 独立 MCP 工具”，不是让医生安装多个同义 Skill：
tools/medpub_mcp.py提供本地 stdio PubMed MCP，用户需在 WorkBuddy 中单独启用（可用tools/configure_workbuddy.py预览/合并设置，必须经过用户确认）；- 若运行时实际可发现
pubmed_search_articles/pubmed_fetch_articles，才可用其检索结果更新来源台账；否则报告source_unavailable，不能装作已经联网检索； - 数据分析/论文样板程序只适用于教学模拟数据，真实数据需具备单独授权、统计设计、运行验证与人工审核；
- 原有 D1–D5 与 P1–P8 不变，医学范围内增加研究设计层级、专业证据门和临床/隐私边界。
两条一级工作流
方向发现：S0–S2 → D1–D5 → direction_brief
论文写作：S0–S2 → P1–P8 → ready_for_human_submission_check- 方向发现用于从领域景观、前沿信号、证据缺口和争议中形成候选方向、课题和方向简报。
- 论文写作用于从已确认的研究问题、已有材料或 direction_brief 出发，完成 paper_spec、证据包、研究设计整理、claim map、分章节写作、核验、审查、修订和投稿前确认。
- 用户可以只使用其中一个板块，也可以从方向发现转入论文写作；不因只需要一个功能而强制执行完整流程。
共享状态和阶段门见 @references/core/workflow-contract.md 与 @references/core/workflow-state-contract.md。
方向发现是 D1-D5 的一级流程，论文写作是 P1-P8 的一级流程。每个单功能模式完成自己的最小产物后默认停止，只有用户明确要求继续才升级。
使用前先告诉用户
在第一次进入论文任务时，用一句清晰提示告知：
参考论文是可选输入，不是使用本 Skill 的前置条件。你可以提供 DOI、URL、标题、文件或几篇目标论文；如果暂时不提供，我也可以根据你的主题、研究设计、目标期刊/会议和可核验文献，自动构建一个参考模式，并明确标注哪些是系统推断。
不要把“可提供参考论文”说成必须上传全文。对于未公开稿件、受试者资料、内部数据或受版权/保密约束的材料，先提示最小必要披露和授权边界；未经授权不要求上传全文。
路由总则
v1.1 一级流程与单功能路由
所有路线先经过按需的共享前置层：S0 目标/材料/边界、S1 专业/研究设计/文章类型适配、S2 文献与证据底座。
| 用户目标 | 路由 | 默认输出和停止点 |
|---|---|---|
| 只做领域扫描或找前沿 | direction-scan | D1 摘要，默认停止 |
| 只找研究缺口或争议 | literature-synthesis / gap-analysis | D2 map，默认停止 |
| 从想法形成问题、假设或预测 | question-hypothesis | D3 候选记录，默认停止 |
| 只做可行性、伦理或优先级核验 | feasibility-check | D4 风险与待决定项，默认停止 |
| 只做研究方向简报 | direction-brief | D5 direction_brief，默认停止 |
| 只生成论文规格或大纲 | paper-outline | P1/P2/P4 的 paper_spec、section_map、claim_map |
| 只写摘要、Introduction 或其他章节 | section-writing | P5 指定章节 |
| 只检查引用和 claim | citation-audit | P6 integrity issue list |
| 只审查稿件或方法 | paper-review | P7 review_bundle |
| 只检查投稿要求 | venue-check | P8 投稿前缺口 |
| 从方向推进完整论文 | direction-to-paper | D5 用户确认后进入 P1–P8 |
| 从已有研究推进完整论文 | paper-full-pipeline | S0–S2 → P1–P8 |
局部模式不自动升级为完整模式。只有用户明确要求继续、完成整篇、进入下一阶段或等价表达时，才扩大范围，并先说明新增输入和下一停止点。
共享证据状态
共享台账必须区分 confirmed、inferred、pending、unknown、source_unavailable、verification_unavailable 和 blocked。检索没有结果不等于没有证据；搜索摘要、模型记忆和目标论文参考文献表都不能单独证明 claim。
先读取 @references/core/workflow-contract.md，再根据当前任务只读取所需资源：
- 适配专业、研究范式或报告规范：
@references/research/adaptation-profile.md、@references/research/reporting-guideline-map.md； - 处理参考论文或自动参考模式：
@references/research/reference-target-protocol.md； - 研究、来源和 claim-evidence：
@references/core/evidence-ledger.md； - 写作和章节表达：
@references/writing/writing-contract.md； - 审稿、复审和修订：
@references/review/review-contract.md； - 伦理、隐私、贡献声明、AI 披露和状态边界：
@references/governance/integrity-and-disclosure.md。
模式
根据用户意图选择最小必要模式：
| 用户目标 | 模式 | 行为 |
|---|---|---|
| 只查文献、核验来源、梳理研究问题 | research-only | 只加载研究与证据资源，不生成完整论文 |
| 只写或润色章节、摘要、图表说明 | writing-only | 只加载写作资源和必要的证据台账 |
| 只审查方法、逻辑、引用或审稿意见 | review-only | 只加载审查资源，输出问题清单和修改建议 |
| 从研究问题推进到可投稿稿件 | full-pipeline | 按 research → writing → review → revision → finalization 分阶段推进 |
| 用户在流程中改变目标 | switch-mode | 保留已确认事实、适配档案、证据台账和未决项后切换 |
局部模式不自动升级为完整模式。只有用户明确说“继续完成整篇”“进入下一阶段”或等价表达时，才形成“明确升级”并升级；升级前说明新增范围、需要的输入和下一停止点。
最小 Intake
只询问会改变路由或安全边界的信息：
- 目标：研究、写作、审稿、修订、定稿或完整流程；
- 专业/子领域和研究对象；
study_design或证据类型；不确定时写unknown；- 目标期刊、会议、学校或其他 venue；未知时允许跳过；
- 已有材料、期望输出和语言。
S0 同时记录材料敏感级别和授权范围：public、internal、confidential、personal_or_subject、restricted 或 unknown；授权不明确时不得外发全文或把材料交给未授权服务。
参考论文单独作为可选项询问，不把它混进必填资料：
你是否有希望参考的论文或文献？可以提供，也可以跳过。若跳过，我会使用自动参考模式。
不要一次要求用户填写所有专业字段。先建立 adaptation_profile，缺失项使用 unknown 或 pending，在确实需要时再渐进式询问。
专业适配：先识别研究设计
不能只凭专业名称套模板。不能只按专业名称选择规则。先用 discipline 选择候选规则，再用 study_design 决定实际检查项。例如同为教育学，随机对照、问卷、访谈、混合方法和设计研究的报告要求不同。
至少区分：实验/干预、观察/问卷、定性访谈或观察、系统综述/Meta-analysis、理论/解释性研究、计算实验、工程实验、档案/文本研究、混合方法和 unknown。根据需要加载 @references/research/reporting-guideline-map.md。
每条适配规则都标记：required、recommended、not_applicable 或 unknown，并保存来源、适用理由和证据状态。无法可靠识别研究范式时，使用通用核心、降低断言强度并请求补充，不假装完成专业审查。
科学严谨性扩展
本版本将 reproducibility pack 和 anomaly investigation 作为可选治理产物，并通过 preregistration_profile 记录适用性。
P3 对前瞻性、验证性或需要区分 confirmatory/exploratory 的研究，按适用性加载：
@templates/preregistration-profile.json：记录假设、预测、主要/次要结果、决策规则、analysis freeze 指纹和偏离；理论、历史、纯综述或已完成回顾性研究可以明确not_applicable；@templates/reproducibility-pack.json：记录环境、依赖、数据/代码版本、随机种子、运行命令、输出指纹和复现限制；@templates/anomaly-investigation.json：异常结果先做根因调查，不能静默丢弃、改阈值或把未解释结果写成稳健结论。
这些是按研究设计启用的治理产物，不把实验执行、预注册或代码运行伪装成当前 Skill 已完成的事实。
参考模式：用户输入和系统自动识别
每个参考对象都必须先建立参考目标卡片，模板见 @templates/reference-target-card.json。参考对象可以是用户提供的论文，也可以是系统检索到并核验的相关论文/指南。
A. 用户参考模式 user_supplied
用户提供 DOI、稳定 URL、标题、摘要、文件或明确的目标论文时：
- 记录来源和用户指定用途；
- 区分方法权威、证据文献、venue 范文、结构范文、风格范文和反例；
- 若用户只说“参考这篇”，根据上下文推断但标记
applicability=inferred，必要时询问用途； - 只抽取章节结构、论证动作、术语偏好、图表规范、引用密度和篇幅等可解释特征；
- 不把目标论文的事实、数据、数字、引用组合或独特句子写入当前论文的事实台账；不复制事实、数据、引用或独特句式。
B. 自动参考模式 automatic
用户没有提供参考论文时，明确告诉用户已进入自动参考模式，然后：
- 从主题、研究问题、
discipline、subfield、study_design和目标 venue 生成检索条件； - 在运行环境提供检索能力时，查找目标领域的正式指南、代表性论文和原始证据；优先 DOI、期刊/会议官网、学术机构和原始数据/代码来源；
- 在没有检索工具或结果不足时，只使用用户提供的材料和包内已记录的公开指南映射，并标记
pending，不得声称完成了实时检索； - 从至少两个相互独立的可核验来源中归纳稳定模式；只有单个来源时标记
single_source，不把它当成普遍规范； - 输出“系统参考模式摘要”：来源、检索时间/版本、适用范围、抽取出的模式、仍未知的部分和不可外推项。
自动参考模式是工作辅助，不是用户授权的模仿目标，也不是自动生成引用的许可。论文事实和关键 claim 仍须回到证据台账逐条核验。
C. 混合模式 hybrid
用户提供少量参考论文时，用用户目标约束系统检索范围，再用正式指南和独立来源做交叉校验。用户参考与系统发现发生冲突时，保留两者的来源和角色，优先遵守正式 venue/研究设计规则，并把冲突交给用户决定。
反泄漏规则
生成或改写后必须检查：目标论文独有的事实、数字、数据集描述、实验结果、引用组合或近似独特句式是否进入输出。发现疑似泄漏时停止该段生成，标记风险并要求人工复核。必须遵守 @references/research/reference-target-protocol.md。
完整流程
1. Research
形成研究问题、范围、研究设计、来源矩阵、纳入/排除理由、证据强度和未决问题。系统综述额外记录检索式、数据库、筛选流程、偏倚和综合方法；不要把系统综述流程套到所有论文。
2. Writing
依据已确认的研究设计、venue 和参考模式生成大纲、章节草稿、图表说明和引用映射。每个重要 claim 绑定用户数据或经过核验的来源；缺来源时写入缺口，不用看似合理的内容补齐。
3. Review
从 venue 适配、研究设计、证据充分性、论证连贯性、专业边界、引用完整性、可复现性和写作质量检查。审查意见应有位置、严重度、理由、证据和建议，不冒充真实期刊决定。
4. Revision
将每条审稿意见转为 decision/action log，记录采纳、部分采纳、拒绝或待决定；绑定修改位置和新增证据。不得在修订中无授权扩大研究结论或悄悄添加实验。
5. Finalization
检查引用、数据/代码/材料说明、伦理、利益冲突、资金、作者贡献、AI 使用披露、局限性、图表和目标 venue 清单。输出状态只能是 draft、reviewed_locally、ready_for_human_submission_check 等证据相符的状态；不得保证录用。
交接状态
完整流程持续携带：
adaptation_profile：专业、研究设计、venue、指南、语言和参考模式；evidence_ledger：claim、来源、证据状态、核验记录和限制；reference_target_cards：用户参考和自动参考的角色、来源与适用性；decision_log：研究和修订中的关键决定、备选方案、理由和后果；artifact_manifest：数据、代码、图表、稿件和版本指纹；preregistration_profile、reproducibility_pack、anomaly_investigation_log：按研究设计适用性携带；unknowns与stop_conditions：不可隐式补全的缺口。
交接契约和停止条件见 @references/core/workflow-contract.md 与 @references/core/evidence-ledger.md。
必须拒绝或暂停的情况
- 要求虚构实验结果、样本、统计量、文献、DOI 或审稿意见：拒绝虚构，列出可验证缺口；
- 要求把参考论文改写成近似复制品：解释参考边界，改为结构/规则提取；
- 没有专业和研究设计却要求保证专业合规：标记
unknown，先补最小信息； - 未经授权上传含个人、受试者或未公开内容的全文：提示保密和最小披露；
- 要求保证录用、声称已经通过期刊/平台或跳过人工确认：不得保证录用，说明当前证据边界；
- 关键 claim 与数据、来源或方法不一致：暂停定稿，回退到证据或研究设计阶段。
验证边界
本 Skill 内的规则、模板和本地测试只能证明目录结构、资源引用和声明契约；不能证明模型自动检索质量、专业判断正确性、WorkBuddy 真实导入或目标期刊实际状态。真实平台验证必须用同一 ZIP 哈希记录导入、正常、边界和失败行为回执。
